发布日期：2024-11-29 20:52    点击次数：132

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前边咱们作念了一个Split小提琴图的函数（ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简陋堆叠小提琴图函数））。有小伙伴在施行中建议了问题，即是横坐标细胞类型celltype的国法是默许成列的，若何按照我方的条款进行排序，商榷修改函数的形貌。其实这个问题是VlnPlot作念的通用问题，和这个函数无关。咱们最初作念一个图：

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library(Seurat)library(dittoSeq)library(ggplot2)library(ggpubr)makers <- c('Ltf'，"Ngp"，'Ccl6'，'Srgn'，'S100a9'，'Mmp8'，            'Cstdc4'， "Ccl6"，'Il1b'，'Chn2'，'Stfa2l1'，            'Retnlg'，'Olfm4'，'Cd177'，'Top2a'，'Stmn1')Split_Vln_stacked(mouse_data， feature = makers， split.by = 'orig.ident'，                  split.plot = T， pt.size = 0， size = 10，                   cols = c("limegreen"， "navy")，                  sig_label = 'p.signif'，test = T，test_method = 't.test')

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其实问题的推行是固定因子国法，咱们之前在ggplot作图的时辰屡次说起。

unique(Idents(mouse_data))# [1] PMN(3) PMN(2) PMN(1) PMN(0) PMN(5) PMN(6) PMN(4) PMN(7)# Levels: PMN(0) PMN(1) PMN(2) PMN(3) PMN(4) PMN(5) PMN(6) PMN(7)cell_levels <- c("PMN(7)"，"PMN(6)"，"PMN(5)"，"PMN(4)"，                 "PMN(3)"，"PMN(2)"，"PMN(1)"，"PMN(0)")Idents(mouse_data) <- factor(Idents(mouse_data)， levels= cell_levels)Split_Vln_stacked(mouse_data， feature = makers， split.by = 'orig.ident'，                  split.plot = T， pt.size = 0， size = 10，                   cols = c("limegreen"， "navy")，                  sig_label = 'p.signif'，test = T，test_method = 't.test')

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这么就不错予求予取展示我方细胞类型国法了三上悠亚 肛交。以为共享灵验的点个赞、共享下再走呗！

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